Системный подход к анализу финансово-хозяйственной деятельности означает, что деятельность отдельных предприятий и бизнес-единиц должна изучаться как часть системы более высокого иерархического уровня с учетом внутренних и внешних связей. При этом оценивать деятельность изучаемого объекта следует не только с точки зрения достижения его локальных целей, но и обязательно с позиций того, насколько эти цели согласуются с целями системы более высокого иерархического уровня и интересами общества в целом. Системный подход подразумевает исследование не только внутренних, но и внешних связей объекта анализа и предполагает рассмотрение итогов хозяйственной деятельности объекта как результата взаимодействия всех сторон этой деятельности и всех, влияющих на них факторов (внутренних и внешних).
Комплексный подход означает проведение анализа отдельных экономических показателей во взаимосвязи и взаимозависимости, в тесной связи с общим уровнем экономического, организационного, технического и технологического развития производства, уровнем социального развития коллектива предприятия.